C’est le premier jour de Shaun à l’hôpital St. Bonaventure. Il arrive en retard et, en dépit des efforts de Claire, une autre interne, pour prendre sa défense, il se fait durement recadrer par le docteur Melendez. En guise de punition, il est affecté aux tâches subalternes pour la journée : corvée de consultation aux urgences et formalités administratives...

Le docteur Melendez et le le docteur Kalu – un interne de chirurgie – découvrent que leur patient, sur le point de se faire greffer un nouveau foie, n’est pas complètement honnête avec eux. Pendant ce temps, le Claire doit apprendre à communiquer avec Shaun, tandis que leur retour à St. Bonaventure avec le foie qui doit être transplanté ne se déroule pas du tout comme prévu...

Le docteur Melendez et son équipe prennent en charge un couple qui doit prendre une décision dont les conséquences sont potentiellement catastrophiques. Pendant ce temps, le docteur Murphy rencontre toujours des difficultés à s’adapter à son nouvel environnement, mais il fait un grand pas en avant avec ses collègues.

Au service des admissions de l'hôpital St. Bonaventure, le docteur Murphy rencontre un jeune patient qui ressemble étrangement à son frère décédé, Steve. Après avoir découvert que ses parents lui avaient caché son diagnostic, Shaun n'arrive pas à comprendre pourquoi le jeune garçon ne mériterait pas d’entendre la vérité sur son état de santé. Pendant ce temps, l'équipe du docteur Melendez n'arrive pas à comprendre ce qui déclenche les réactions allergiques d'un autre patient, qui vient de perdre son épouse et qui est en froid avec son fils...

L'hôpital St. Bonaventure voit arriver aux urgences les invités d'un mariage, dont le bus a été accidenté. Parmi les victimes, le futur marié, pour lequel Shaun et Claire conçoivent une procédure expérimentale qui devrait permettre de sauver sa jambe... à condition de savoir qui, de sa future femme ou de ses parents, doit prendre la décision. De son côté, Jared a du mal à se connecter émotionnellement avec sa patiente, l'une des demoiselles d'honneur du mariage, dont les brûlures peuvent s'avérer trop graves pour être totalement guéries.

Le Dr Shaun Murphy doit faire face aux préjugés lorsqu'il aborde le cas d'un patient atteint d'autisme, et le Dr Jared Kalu doit apprendre à accepter ses limites en tant que chirurgien.

Au cours d'un vol à l'épicerie où le Dr Shaun Murphy fait ses achats, ses limites de communication mettent des vies en danger. Entre temps, après la journée traumatisante de Shaun, le Dr Aaron Glassman craint de ne pas faire assez pour aider Shaun.

Dans le cadre du programme humanitaire international de l'hôpital Saint-Bonaventure, l'équipe prend en charge le cas d'un jeune garçon du Congo atteint d'une grave anomalie cardiaque congénitale. Le Dr Neil Melendez a des doutes quant à la sécurité de la procédure, tandis que le Dr Shaun Murphy élabore le meilleur plan d'action. Pendant ce temps, la dernière rencontre de Murphy avec sa voisine, Lea, le rend confus.

Les membres de l'équipe chirurgicale de l'hôpital sont d'abord impressionnés par un charmant jeune médecin, mais son véritable caractère place l'un d'entre eux dans une position inconfortable au travail. Pendant ce temps, le Dr Glassman pense que le Dr Shaun Murphy a besoin d’un peu plus de soutien dans sa vie personnelle et suggère de rencontrer un thérapeute.

Le docteur Andrews collabore avec le docteur Melendez dans le cadre d'une opération de transplantation qui concerne deux jumeaux. Shaun Murphy part en voyage avec Lea...

L'état de santé des jumeaux se dégrade après l'opération. L'équipe médicale doit rapidement prendre une décision concernant leur traitement...

Shaun soupçonne sa patiente de mentir à propos de la raison de sa blessure tandis que la vie personnelle du Dr Melendez pourrait affecter son travail.

Shaun est surpris d’apprendre que sa jeune patiente atteinte d'un cancer s’identifie comme une fille en étant biologiquement un mâle. Il doit rapidement apprendre à comprendre sa patiente, ses besoins médicaux et comment travailler avec sa famille, qui ont tous le sentiment de savoir ce qui est le mieux pour elle.

Une patiente du Dr Shaun Murphy a été confinée chez elle toute sa vie à cause d'une maladie cardiaque rare. Malgré son état, elle possède un grand groupe d'amis en ligne et espère que l'équipe chirurgicale pourra trouver un moyen de lui donner la vie qu'elle a toujours rêvé d'avoir. Pendant ce temps, le donneur d'organes parfaitement adapté d'un jeune patient pose un dilemme moral pour les parents et le patient.

Lorsque l’équipe traite un patient qui doit décider entre une chirurgie dangereuse qui pourrait changer sa vie ou rester tel qu'il est, il demande au Dr Shaun Murphy ce qu’il ferait s’il avait le même choix.

Le Dr Shaun Murphy s'interroge sur la nécessité d'une intervention chirurgicale facultative qui permettra à son jeune patient de sourire pour la première fois. Pendant ce temps, le Dr Claire Brown et...

L’équipe de Saint-Bonaventure doit rapidement découvrir la vérité derrière les blessures inexpliquées d’un jeune étudiant avant que son état ne s’aggrave. Pendant ce temps, après avoir perdu sa posses...

Shaun tente de convaincre le docteur Melendez de lui permettre de soigner Paul, le concierge de l’hôpital, qu'il soupçonne d'être gravement malade. Côté vie privée, le retour inattendu de Lea dans sa vie le pousse à s'interroger sur ses sentiments.

En l’absence du docteur Lim, Shaun et Morgan ont la responsabilité du service des urgences. Dans le même temps, Claire et Alex assistent le docteur Melendez sur l’opération d’une patiente atteinte d’endométriose.

Grâce aux souvenirs de son passé, Shaun aide un adolescente atteinte de déficience intellectuelle, tandis que Claire se retrouve au milieu d’un conflit entre une jeune fille blessée et ses parents inquiets. En parallèle, les hallucinations de Glassman l’obligent à faire face à une tragédie personnelle.

Tandis qu'une patiente souffrant d'anorexie n’arrive pas reprendre le poids nécessaire pour subir une opération du coeur, Claire suggère une opération expérimentale à laquelle Melendez s'oppose fermement. De son côté, Shaun fait tout son possible pour que Glassman se remette à marcher.

L’indécision de Shaun et Morgan sur le traitement d’une violoniste pourrait avoir de lourdes conséquences sur l’avenir de la jeune femme. Pendant ce temps, Lim, Claire et Park ne savent pas si l’un de leur patient est vraiment malade ou si il cherche seulement à attirer l’attention.

Shaun et Morgan essayent de traiter un patient grâce à l’aide du frère de ce dernier. De son côté, Claire demande de l’aide au Dr Melendez pour soigner une amie mourante, et Glassman fait face aux effets de son traitement.

La patiente des docteurs Murphy, Lim et Brown est obligée de révéler un secret à son mari après que son traitement a entraîné une complication. En parallèle, Melendez, Reznick et Park ont des difficultés avec les parents d’un patient qui ne croient pas en la vaccination.

Les docteurs Melendez, Reznick et Brown s'attachent au souhait d'un patient de subir une opération qui l'empêcherait de donner suite à ses pulsions pédophiles. De son côté, Shaun reçoit une leçon d'empathie.

Shaun Murphy et Audrey Lim traitent deux patients qui se sont effondrés à l'aéroport et dont les symptômes laissent présager une infection susceptible de se transmettre dans l’air. Le personnel de l’hôpital s'efforce alors de contenir l'infection avant qu'elle ne se propage au reste des patients des urgences.

Alors que l’hôpital est toujours en quarantaine, le Dr Murphy continue d’être submergé par le chaos qui règne dans la salle d’urgence. De son côté, le Dr Reznick fait son possible pour garder ses patients en vie, et le Dr Lim se bat pour sa vie.

Au lendemain de la quarantaine, tandis que le personnel de l’hôpital tente de reprendre ses activités habituelles, le Département de la santé publique décide de faire un compte rendu de ce qu’il s’est passé pour rétablir la confiance. Tout en se remettant du virus qui l’a affectée, le Dr Lim et le Dr Melendez cherchent à trouver un équilibre en leur relation personnelle et professionnelle. Pendant ce temps, le Dr Murphy et le Dr Glassman, qui essaient de se détendre, rendent visite à Lea au travail.

Le docteur Glassman tente de minimiser les effets néfastes de la chimiothérapie sur son organisme en présence de Shaun. Une patiente atteinte d'autisme souffre d'une maladie cérébrale. Les médecins vont devoir gérer, simultanément, la relation complexe qu'elle entretient avec son colocataire, lui aussi atteint de TSA (Trouble du Spectre de l'Autisme). Léa ayant un nouveau copain, la cohabitation avec Shaun devient compliquée...

Le Dr Andrews tente de convaincre une mère endeuillée de donner le visage de sa fille à une adolescente défigurée depuis un terrible accident de voiture. Shaun se lance dans une expérimentaiton aux côtés du Dr Glassman...

Nigel et Diane sont les parents d'une petite fille née avec une anomalie congénitale. Le bébé a besoin d'une opération de toute urgence. Est-ce que les parents vont accepter cette opération qui peut mettre plus rapidement en péril l'existence de la fillette ? Face à ce cas, l'honnêteté absolue de Shaun provoque la colère du nouveau chef du département de chirurgie qui veut le garder comme simple résident.

Le nouveau chef du service de chirurgie, le docteur Jackson Han estime que le docteur Shaun Murphy est une faiblesse plus qu’un atout au bloc. Il s'efforce de le maintenir hors de la salle d’opération de façon permanente.

Le docteur Shaun Murphy est désespéré de ne pas pouvoir participer au retrait d'une tumeur d'un patient après la prise de décision du docteur Jackson Han de l'écarter de l'équipe de chirurgie. Murphy doit alors mettre en avant ses compétences afin de découvrir la cause des blessures d'un nourrisson.

Victime d'une bagarre dans un bar, le docteur Shaun Murphy doit aller se faire soigner à Saint-Bonaventure. Au même moment, Alex Park et Audrey Lim sont en désaccord à propos des symptômes postopératoires d’une femme âgée. Quant aux docteurs Neil Melendez et Lim, ils assument au grand jour leur histoire d'amour.