Le Glee Club fait une représentation pour la première fois devant toute l'école et pousse la performance jusqu'à la limite. Quand Quinn réalise que Rachel a des sentiments pour Finn, elle va tout faire pour garder son homme. Pendant ce temps, la femme de Mr Schuester révèle de surprenantes nouvelles, forçant Will à trouver une nouvelle façon de joindre les deux bouts.

Will forme les Acafellas, un groupe vocal composé uniquement d'hommes. En l'absence de Will, le Glee Club décide d'embaucher un chorégraphe bien connue pour les aider. Pendant ce temps, Mercedes est touchée par le flèche de Cupidon mais ses sentiments ne sont pas réciproques.

Kurt est le centre des toutes les attentions quand il décide de rejoindre l'équipe de football pour cacher son homosexualité à son père. Sandy et Sue unissent leurs forces pour détruire la chorale. Rachel, qui estime que son talent n'est pas apprécié à sa juste valeur, quitte le club. Alors que Quinn et Finn apprennent une nouvelle qui va changer leur vie...

Will pense que la chorale a désespérément besoin d'un nouveau souffle, il recrute donc son ancienne camarade de classe, April Rhodes, pour redonner de l'énergie au club après le départ de Rachel. Le plan de Will semble bien fonctionner jusqu'à ce qu'il se rende compte qu'April n'a pas vraiment une bonne influence sur les lycéens.

Will décide d'injecter une dose de compétition en opposant les garçons et les filles dans une épreuve de mash-up. Terri devient l'infirmière scolaire, malgré son absence d'expérience médicale, pour surveiller Will. Elle commence à donner des vitamines à tour de bras aux étudiants de la chorale et pousse Ken à demander Emma en mariage pour éliminer la concurrence.

Malgré leur désaccord quant à la manière de gérer le Glee Club, Will et Sue tentent de faire bonne impression devant le principal. Pour parvenir à ses fins, Sue créé des dissensions au sein de la chorale. Will et Finn accompagnent Quinn pour sa première échographie. Intrigué par le peu d’information qu’il possède sur la grossesse de sa femme, Will prévient Terri qu’il compte l’accompagner lors de son prochain rendez-vous chez le gynécologue.

Finn et Quinn réalisent que leur cote de popularité a baissé. Emma et Ken demandent à Will de leur donner des cours pour ouvrir le bal lors de leur mariage sur un assemblage de deux chansons qu’ils ont choisies. Constatant que certains de ces joueurs privilégient les répétitions avec le Glee Club aux dépens de ses entraînements, Ken rajoute des séances qui coïncident avec celles de la chorale.

Le Glee Club a besoin d’argent afin de pouvoir se rendre à la prochaine compétition avec un bus qui transportera également le fauteuil roulant d’Artie. Will propose à ses élèves de faire une vente de gâteaux pour financer leur achat, mais les jeunes gens renâclent. Pour leur faire comprendre le quotidien d’Artie, l’enseignant les oblige à utiliser un fauteuil roulant pendant une semaine. Les frais médicaux de Quinn sont relativement élevés, et Finn lui promet de trouver un travail pour lui apporter son soutien financier. Rachel et Kurt se disputent la partie soliste d’une chanson.

Will propose à ses élèves de constituer des duos pour exprimer leurs sentiments dans des ballades. Il n’est pas très à l’aise lorsque Rachel tire son nom au sort et choisit d’interpréter le très romantique «Endless Love». En effet, Will a déjà vu une de ses étudiantes s’enticher de lui et il ne tient pas à revivre ceci. Préoccupé par ses problèmes, Finn ne parvient pas à se concentrer sur sa prestation avec Kurt, qui éprouve un faible pour lui. Invité à dîner chez les parents de Quinn, il décide de révéler qu’elle attend un enfant.

Sue demande à Will la liste des chansons qu’il compte présenter au concours. Se méfiant d’elle, celui-ci rend visite à Grace Hitchens, qui s’occupe d’un club rival, et lui demande son avis. Il lui propose ensuite d’utiliser son auditorium pour une compétition amicale entre les deux chorales. Quinn se demande qui de Finn ou de Puck ferait le meilleur père et décide de mettre ce dernier à l’épreuve. Kurt suggère à Rachel de revoir son look. Lorsque celle-ci reconnaît avoir un faible pour Finn, son maître ès style, jaloux, lui suggère d’adopter une apparence un brin vulgaire.

Will est écoeuré lorsqu’il apprend que le Glee Club ne figurera pas dans l’almanach du lycée cette année. Au contraire, certains choristes sont soulagés, car ce cliché leur vaut souvent des réflexions humiliantes. Will insiste auprès du proviseur pour obtenir une place dans l’album pour sa chorale et obtient gain de cause, moyennant un coût de et seulement deux élèves sur la photo. Pour rassembler les fonds, Rachel propose de tourner une publicité pour un magasin de matelas. Par ailleurs, Will découvre que Terri feint d’être enceinte.

Rachel tient absolument à révéler à Finn qu’il n’est pas le père de l’enfant que porte Quinn et tente de faire passer le message aux autres membres de la chorale. Déjà au courant, ceux-ci font leur possible pour l’en empêcher. Le Glee Club se prépare pour les communales, et Mercedes insiste pour interpréter «And I’m Telling You». Lorsque Rachel finit par avouer à Finn que Puck est le père du bébé de Quinn, celui-ci quitte sa petite amie et ne veut plus chanter avec la chorale.

Après avoir été suspendue, Sue retrouve sa place en faisant chanter le proviseur Figgins. Elle compte bien anéantir la relation entre Rachel et Finn en demandant à Santana et Brittany, deux pom-pom girls, de séduire le jeune homme. Voyant son bien-aimé convoité par ces deux filles, Rachel accepte le rendez-vous galant que lui propose Jessie St James, membre de Vocal Adrenaline, une chorale concurrente. Will demande à ses choristes de travailler sur des chansons contenant le mot «hello». Il a par ailleurs bien du mal à sortir avec Emma.

Les garçons du Glee Club martyrise les filles, ainsi Will fait référence à Madonna et à son message d'égalité. De leur côté, Tina et Artie tentent de tout recommencer lorsque Kurt et Mercedes rejoignent les Cheerios et font à Sue un relooking en recréant le clip "Vogue" de Madonna.

Comme elle doit prochainement être interviewée par un magazine, Sue exige que Mercedes et Kurt perdent du poids. Elle a également réservé l'auditorium pendant toute une semaine pour permettre aux pom-pom girls de répéter à loisir. Will est dans l'obligation de trouver un autre endroit pour répéter. Lorsqu'il se rend à la piste de patins à roulettes, il retrouve April, qui y travaille désormais. Par ailleurs, Finn n'accepte pas que sa mère veuille se débarrasser des meubles de son père et découvre qu'elle a un petit ami...

Dans le bureau de Sue, Kurt dérobe une vidéo de l'enseignante interprétant «Physical» d'Olivia Newton-Jones. Le Glee Club décide de la diffuser sur Internet. Lorsque Sue découvre les ravages causés par cet enregistrement, elle dépose une liste peu flatteuse au proviseur, qui somme Will d'en trouver l'auteur, faute de quoi toute la chorale sera punie. Ce dernier demande à ses élèves de travailler sur des chansons qui ont mauvaise réputation et de les réhabiliter. Sue révèle à Emma les écarts de conduite de Will. Quant à Kurt, Mercedes, Artie et Tina, ils sont prêts à tout pour se faire remarquer...

Fatiguée par un mal de gorge tenace, Rachel révèle à Will que tous les membres de la chorale ne chantent pas lors des répétitions. Le professeur demande alors à chacun de préparer une chanson en solo qui révèle ce qu'ils ressentent. La nouvelle coupe de cheveux de Puck le dessert, et il est prêt à tout pour retrouver son statut de tyran du lycée. Pour parvenir à ses fins, il tente de séduire Mercedes, dont la cote de popularité atteint des sommets. De son côté, Kurt est jaloux et blessé de l'attention que son père porte à Finn. Il décide de changer radicalement de style afin de ressembler davantage à ce que Burt semble apprécier...

L'ennemi de Will au temps du lycée, Brian Ryan, débarque à McKinley dans le but de causer des problèmes à la chorale de son rival. Rachel va peut-être découvrir qui est vraiment sa mère biologique pendant qu'Artie et Tina sauvent leur relation et affronte la condition physique du jeune homme.

Craignant une influence néfaste sur les lycéens, le principal Figgins exige que Tina délaisse son style gothique, sans quoi elle sera renvoyée. En espionnant les rivaux de Vocal Adrenaline, Rachel découvre qu'ils préparent un hommage à Lady Gaga. Pour faire d'une pierre deux coups, à savoir aider Tina à trouver un look qui lui convienne et faire explorer à ses élèves la notion de théâtralité, Will demande à la chorale de travailler des titres de l'extravagante chanteuse. Les filles et Kurt sont enchantés, les garçons un peu moins enthousiastes. Par ailleurs, Carole et son fils emménagent chez les Hummel, et Finn est particulièrement énervé lorsqu'il découvre qu'il partage la chambre de Kurt.

New Directions est surpris de découvrir Vocal Adrenaline dans son auditorium : la chorale rivale est venue l'intimider en se produisant dans son lycée et en saccageant sa salle de répétition. Les élèves de McKinley sont au désespoir, persuadés que les finales régionales sont perdues d'avance. Pour leur redonner confiance, Will leur conseille de s'aventurer dans un genre que leurs adversaires ne pratiquent pas : le funk. Par ailleurs, le professeur signe enfin son divorce d'avec Terri. Lassé des piques incessantes de Sue, qui croit la fin de la chorale proche et ne manque pas de le lui rappeler, Will échafaude un plan machiavélique pour piéger sa collègue.

Le jour tant attendu des finales régionales est enfin arrivé. Catastrophés, les membres de New Directions découvrent que, tout comme Josh Groban et Olivia Newton-John, Sue Sylvester fait partie du jury chargé de départager les chorales en compétition. Ils pensent que leurs chances de l'emporter sont quasi-nulles et se découragent. Will demande conseil à Emma et tente de remotiver ses troupes, leur demandant de faire contre mauvaise fortune bon coeur. La première école propose un medley des titres d'Olivia Newton-John et de Josh Groban.

M. Schuester insiste pour que la chorale chante des titres populaires pour l'assemblée de l'école mais les élèves ont d'autres plans. Alors que les New Directions font campagne pour interpréter les meilleures chansons de Britney Spears, ils apprennent que Brittany a des liens avec la célèbre chanteuse. Pendant ce temps, Will rencontre le petit ami de Emma, Dr Carl, ce qui déclenche une rivalité entre les hommes alors qu'ils essaient d'attirer son attention.

Finn traverse une crise existentielle quand il croit voir le visage de Jésus sur son croque-monsieur. Parallèlement, le reste de la troupe se rallie autour de Kurt, dont le père tombe dans le coma après une attaque cardiaque, les amenant à de grandes discussions entre non-croyants et croyants.

Puck est envoyé en maison de redressement pour avoir crashé la voiture de sa mère dans le devanture d'un magasin et être reparti avec la caisse; Sam prend sa place dans la chorale. Les membres de la chorale doivent travailler sur des duos. Finn et Rachel font en sorte que Sam soit favorisé, et un triangle amoureux se développe entre Tina, Mike et Artie.

Will décide de faire jouer The Rocky Horror Show par le glee club pour le spectacle annuel de l'école après avoir appris qu'Emma adore cette comédie musicale culte. Malgré les manigances habituelles de Sue, les membres de la chorale injectent leur propre style dans des titres tels que The Time Warp ou Dammit, Janet!.

Kurt rencontre Blaine, un étudiant ouvertement gay de la Dalton Academy, une école pour garçons et songe à quitter McKinley pour cet établissement. Puck revient après avoir été en détention. Il est condamné à des travaux d'interêt géneral, et pour cela doit aider Artie à se depalacer. Artie demande également l'aide de Puck afin de reconquérir Britany.

Un virus se répend à McKinley, M. Figgins et Will ne sont pas épargnés. Will malade, Holly Holliday est engagée pour reprendre sa classe d'espagnol et la chorale. Sue remplace le principal Figgins et ne résiste pas à l'envie d'abuser de son pouvoir.

La mère de Sue Sylvester vient rendre visite à sa fille, après une longue période d'absence, afin d'assister à son mariage. Dans le même temps, Kurt prend une décision importante après que Karofsky l'a poussé dans ses derniers retranchements. Enfin, la chorale se réunit lors de la célébration du mariage de la mère de Finn et du père de Kurt.

La chorale se rend aux Sélections pour affronter les Warblers et les Hipsters. Emma et Carl se rapprochent alors que les romances adolescentes commencent à s'effilocher (Santana dévoile à Rachel qu'elle a passé un nuit torride dans une chambre d'hôtel avec Finn)

Brittany croyant toujours au père Noël, les New Directions décident de tout faire pour qu'elle ne découvre pas la vérité. De plus, le groupe décide donner des cadeaux a une oeuvre pour enfant mais Sue n'est pas loin et elle va essayer de tout faire échouer.

Un championnat local de football est organisé. Will et le coach Beiste essayent de faire travailler la chorale et les Titans ensemble. Sue fait tout ce qu'elle peut pour être sûre de remporter un nouveau championnat national avec les Cheerios.

L'amour est dans l'air à McKinley lorsque Finn met en place un stand de baiser pour la Saint Valentin. Les choses ne se passent pas comme prévu et les cœurs finissent par être brisés. De leur côté, les couples Artie-Brittany et Mike-Tina se renforcent.

Will propose à Sue de rejoindre le Glee Club, après une dépression de celle-ci afin de lui remonter le moral et de lui montrer les bienfaits du club. Rachel tente de se lancer dans un retour dans la haute stratosphère sociale de Mc Kinley avec l'aide de Brittany. Pendant ce temps, Sam monte un groupe à l'effigie de Bieber.

Le principal Figgins enseigne à l'ensemble des étudiants les dangers de l'alcool chez les mineurs, et le Glee Club est personnellement touché par le message. Après avoir embrassé Rachel, Blaine commence à douter de lui, ce qui rend Kurt jaloux. Pendant ce temps, M. Schuester et Beiste se livrent à un peu d'amusement.

Will Schuester se rend compte que le Glee Club ne connait rien aux relations sexuelles. Il fait donc appel à Holly Holliday pour les aider. Mais Emma, présidente du Club d'abstinence, est contre cette idée. Santana quant à elle, se pose des questions sur ses sentiments pour Brittany. Du côté des Warblers, Kurt a du mal à révéler son côté "sexy". Le couple Emma-Carl doit faire face à une vérité indubitable.

Les New Directions affrontent les Warblers de la Dalton Academy ainsi qu'Aural Intensity aux régionales. Les chorales sont jugées par Tammy Jean Albertson, Soeur Mary Constance et Rod Remington. Pendant ce temps, Quinn tente de reconquérir Finn pour devenir la reine de la promo à McKinley. Kurt et Blaine font un pas dans leur relation.Rachel écrira une chanson qui expliquera qu'elle veut reconquérir Finn et Finn ne manquera pas de sourire a cela.

Le Glee Club tente de récolter des fonds afin de pouvoir financer leur voyage pour participer aux nationales à New York. De ce fait, le groupe organise un concert de charité que Sue tente avec son équipe de détruire. Les choses ne se passent pas comme prévues et des décisions sont prises.

Pendant que Will utilise la musique de Lady Gaga pour donner une leçon sur l'acceptation de soi, Lauren et Quinn font tout leur possible pour devenir reine de la promo, Emma fait face à ses obsessions, Rachel lutte contre une décision et Santana a quelque chose en tête qui pourrait considérablement modifier la dynamique du Glee Club. De son côté, Kurt prend un choix important.

Sue Sylvester redonne naissance au journal de l'école et décide d'imprimer quelques articles enflammés. Le Glee Club ressent un respect renouvelé pour Sam quand ils découvrent de nouvelles informations intéressantes sur sa vie familiale. Parallèlement, April Rhodes revient et tente de convaincre M. Schuester de prendre la route avec elle.

Le principal Figgins demande aux élèves du Glee Club de chanter au bal de promo du lycée McKinley, malgré les objections de la coordinatrice du bal, Sue. Et tandis que la compétition pour devenir roi et reine commence à chauffer, Jesse est de retour. Une confrontation aura lieu lors du bal. Les relations amoureuses sont mises à rude épreuve.

Les New Directions continuent de monter leur stratégie quant à la liste de chansons pour la compétition nationale avec l'aide de Jessie St. James. Parallèlement, Jean, la sœur de Sue, meurt subitement d'une pneumonie. Kurt et Finn vont tout faire pour aider Sue à préparer la cérémonie de funérailles.

Les New Directions vont à New-York pour participer aux Nationales où ils vont à nouveau affronter les Vocal Adrenaline (ainsi que près de cinquante autres chorales). Ils attirent également les curiosités de la Grande Pomme. Une relation amoureuse est dévoilée tandis qu'une autre renaît en pleine prestation des New Directions, cela les fera perdre lors des nationals.